Dalam publikasi tahunan Indonesia 2011 ini, The Indonesian Institute, Center for Public Policy Research (TII) mengangkat beberapa tema, terutama terkait isu-isu kebijakan publik di bidang politik dan sosial. Beberapa permasalahan klasik yang menurut kami juga cukup menyita perhatian publik dan masih belum tuntas ditindaklanjuti, seperti masalah kawasan perbatasan dan konflik di Papua menjadi dua tema yang dianalisis dalam Indonesia 2011.
Dua tema lain yang kami nilai penting dan menarik untuk diangkat dan didorong pengejawantahannya adalah mengenai isu gender, terutama dalam kaitannya dengan partisipasi politik perempuan dalam proses kebijakan, maupun dalam hubungannya dengan masalah dan dampak perubahan iklim, khususnya bagi perempuan.
Ada benang merah dari isu-isu yang diangkat dalam Indonesia 2011 tersebut, yaitu terlepas dari tersedianya perangkat kebijakan yang diatur dalam peraturan perundang-undangan, masih terdapat kendala dalam tataran implementasi dan pendekatan kebijakan, serta upaya menindaklanjuti permasalahan yang terkait dengan isu-isu tersebut.
Misalnya, terkait masalah konflik di Papua yang menunjukkan kendala yang dihadapi Pemerintah RI dalam merangkul provinsi di kawasan paling Timur Indonesia tersebut. Hal ini semakin berat, terutama mengingat fakta bahwa permasalahan di Papua tidak hanya menjadi masalah Indonesia, namun juga mendapatkan perhatian internasional, khususnya oleh negara-negara seperti Amerika Serikat dan Australia.
Pemerintah pun berupaya untuk menjawab masalah kesejahteraan masyarakat Papua dan mempertahankan NKRI melalui beberapa kebijakan, seperti penerapan Undang-undang No. 21 Tahun 2001 tentang otonomi khusus untuk Papua; serta pembentukan Unit Percepatan Pembangunan Papua dan Papua.